Por aquel entonces, el recién nombrado Emperador Justiniano (527-565), le nombró general en jefe y le encomendó la tarea de recuperar todos los territorios que una vez pertenecieron a Roma. La misión era titánica sin duda imposible para un solo hombre, pero Belisario se propuso realizar el sueño de Justiniano, imponiéndose la tarea de reconquistar Roma y la Península Itálica, por ser ese el origen de Bizancio.
Tras una larga y costosa campaña contra los ostrogodos, en el año 540 consiguió su propósito, rescatando a Roma de la decadencia en la que se había sumido.
Satisfecho, Justiniano encomendó a Belisario que detuviera la expansión de los Búlgaros que amenazaban a la capital Constantinopla desde el Norte. Así, en el año 550 logró una aplastante victoria terminando con la amenaza que se cernía sobre el Imperio.
Belisario se retiró de la vida militar siendo un general invicto, pero para su desgracia no sería un ejercito enemigo quien le destruiría, sino las intrigas palaciegas.
Siendo un anciano rico y adinerado, fue acusado de urdir un plan para derrocar a Justiniano, por lo que fue juzgado y condenado a un año de arresto en su palacio. Estas acusaciones posiblemente fueran falsas, pues ambos el Emperador y el General habían tenido una relación de respeto y amistad durante muchos años.
Al terminar la reclusión, cuenta la leyenda que le fueron retirados todos sus bienes y obligado a mendigar por las calles de Constantinopla. También se cuenta que viéndole el Emperador, se dio cuenta de su error, y corrió a ayudarle, devolviéndole su confianza.
Al poco tiempo de estos lamentables sucesos, ambos murieron por causas naturales. Era el año 565 y con ellos terminaba la época de esplendor de Bizancio. Su historia sería a partir de ese momento la crónica de una lenta y progresiva decadencia.
