Comenzó así el viaje más importante de su vida y también el único.
En el año 1831 embarcó en el “Beagle”, pasando por Brasil, Chile, las Galápagos, Australia y la punta Sur de África, para regresar 5 años después a Inglaterra.
En el viaje pasó penalidades sin fin. Desde terribles mareos que no le abandonaron en toda la travesía, hasta el plagas de insectos o enfermedades como la malaria o el tifus. Aunque pudo recuperarse de todas ellas, puede que siempre conservara las secuelas de alguna de ellas, puesto que el resto de su vida Darwin se sintió enfermo. Era casi algo patológico, siempre estaba cansado y casi impedido para realizar cualquier cosa que no fueran sus investigaciones. De hecho, no volvió a salir de Inglaterra.
A pesar de este grave inconveniente, lo cierto es que no le hizo falta salir de nuevo, tal era la cantidad de muestras y de información que había traído consigo de su único viaje. Su estudio, catalogación e interpretación fue labor de toda una vida, y el resultado cambió la forma de interpretar el mundo.
Antes de Darwin, las teorías sobre como había surgido la vida estaban basadas casi íntegramente en lo que decía la Biblia. Las llamadas teorías creacionistas, seguían creyendo que el hombre y todas las cosas del mundo habían sido creadas por Dios. La existencia de fósiles, prueba ineludible de vida antigua, era explicada por el gran diluvio universal, que había llenado la tierra de los cadáveres de los seres que entonces la poblaban.
Darwin probó como las especies cambian debido a la evolución, y que esta se rige por leyes de selección natural, donde los fuertes se imponen a los débiles gracias a su mayor adaptación al medio. Estas teorías no eran demasiado “peligrosas” en el estudio de ciertas especies, pero... que pasó con el hombre: ¿de donde evolucionó?. Las teorías de Darwin, sobre el origen remoto del hombre, proponiendo la evolución a partir de un antepasado común con los monos, fueron revolucionarias. A pesar de lo que pueda parecer, Darwin era profundamente religioso, además, el no veía conflicto alguno, puesto que seguí pensando que el primer signo de vida, fuera el que fuera, tenía procedencia divina.
Esto no logró evitar el alud de críticas, la mayoría crueles y sin sentido, a las que Darwin siempre intentó prestar el menor caso. Su vida trascurrió totalmente anodina en cuando a acontecimientos. Su esposa e hijos le dieron la tranquilidad y el reposo que él siempre buscó. Murió en el año 1882, trabajando en sus estudios científicos.